Die Orgellandschaft des Rhein-Main-Gebiets kann nur einige wenige kulturhistorisch bedeutende Instrumente aufweisen, die wie die Orgel der St. Gallus- Kirche eine über 300-jährige Geschichte haben. Die Orgel geht in ihren ältesten Teilen wie dem goldverzierten Gehäuse und 11 erhaltenen Registern auf den Mainzer Orgelbaumeister Johann Jakob Dahm (1660 – 1727) zurück.
Dahm war Orgelbaumeister des Mainzer Domkapitels und hatte u. a. Orgeln für den Mainzer Dom, das Kloster Eberbach im Rheingau und die Weilburger Schlosskirche angefertigt. Zu seinen Schülern zählte u. a. Joseph Gabler.
Die Orgel der St.Gallus-Kirche ist eines der wenigen noch erhaltenen Instrumente aus der Werkstatt Dahms. Im Jahr 1709 wurde sie für das Frankfurter Karmeliterkloster mit 22 Registern, verteilt auf zwei Manuale und Pedal gebaut. 1748 erweiterte Joh. Christian Köhler das Werk um ein drittes Manual mit 7 Registern. Genau 100 Jahre später (1809) wurde im Zuge der Säkularisation die Orgel nach Flörsheim verkauft. Dies darf als historischer Glücksfall bezeichnet werden, denn das Frankfurter Karmeliterkloster wurde im 2. Weltkrieg durch Bomben zerstört.
Wenige Jahre nach der Aufstellung der Orgel in der St. Gallus-Kirche hieß es in einer historischen Notiz aus dem Jahre 1818, dass die Orgel die beste und schönste im Herzogtum Hessen-Nassau sei - neben der damals noch existierenden Orgel im Kloster Eberbach, die ebenfalls von Dahm erbaut worden war.
In den Jahren 1959 bis 1961 wurde das Instrument durch Paul Ott, Göttingen, restauriert und im barocken Sinn erweitert. Weitere Veränderungen erfuhr die Orgel 1989 durch die Firma Fischer & Krämer, Endingen am Kaiserstuhl.
Im Jahr 2013 unternahm die Orgelmanufaktur Vleugels, Hardheim, eine Revision der Orgel.
Die Orgel besitzt 39 Register, davon 11 original erhaltene von Joh. J. Dahm, verteilt auf drei Manuale und Pedal.
Der Klang des Instruments hat alle Facetten einer außergewöhnlichen Orgel: Er reicht von lieblicher Zartheit der Flötenregister bis zu majestätischer Strahlkraft des Plenums, das den Raum ausfüllt. Orgel und Kirchenraum sind in der St. Gallus-Kirche eine harmonische Verbindung eingegangen.
| Hauptwerk | Rückpositiv | Brustwerk | Pedal |
| Bourdon 16' (1709) | Großgedackt 8' (1709) | Holzgedackt 8' (1748) | Prinzipal 16' |
| Prinzipal 8' | Prinzipal 4' (1709) | Rohrflöte 4' | Subbass 16' (1709) |
| Rohrflöte 8' | Kleingedackt 4' (1709) | Prinzipal 2' | Octave 8' |
| Quintade 8' (1709) | Oktave 2' | Sifflöte 1 1/3 | Gedackt 8' |
| Oktave 4' (1709) | Flageolett 2' (1709) | Zimbel 3f. 1/2' | Oktave 4' |
| Spillflöte 4' | Oktave 1' | Vox humana 8' | Rohrgedackt 4' |
| Nasat 2 2/3' (1709) | Cornett 4f. (ab c1) | Tremulant | Nachthorn 2' |
| Oktave 2' (1709) | Scharff 3-4f. | Mixtur 4-6f. | |
| Terz 1 3/5' (1709) | Krummhorn 8' | Posaune 16' | |
| Oktave 1' | Temulant | Trompete 8' | |
| Mixtur 4-5f. 1 1/3' | Trompete 4' | ||
| Quintzimbel 3f. 1/3' | |||
| Trompete 8' |
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Spielhilfen:
Koppeln RP - HW; BW - HW; HW - Ped; RP - Ped
Sperrventile Ped. I; Ped. II;
mechanische Spiel- und Registertraktur
Schleifladen
Stimmtonhöhe A=440hz
